في يوم جديد في منطقة كانتو,يتلقى ساتوشي دعوة من البروفيسور يوكيناري أوكيدو لحضور حفل افتتاح مختبر البروفيسور ساكوراجي في مدينة Vermillion.خلال الكلمة الاحتفالية,يتلقى البروفيسور ساكوراجي تنبيهًا لظهور بوكيمون نادر في ميناء مدينة Vermillion,يقود ساتوشي والمدربين الآخرين للاندفاع إلى المنطقة على أمل العثور على بوكيمون الغامض.في المرفأ,وجدوا Lugia - بوكيمون أسطوري - يخوض معركة مع مدربين آخرين.ملاحظة تكتيكات المدربين الآخرين,ساتوشي لديه شريكه,بيكاتشو,ضرب لوجيا بهجوم Thunderbolt.غير منزعج,يهرب لوجيا,ولكن ليس قبل أن يقفز ساتوشي بإصرار على ظهره.لدهشة ساتوشي,يلتقي بصبي آخر,جو,الذي قفز على ظهر لوجيا أيضًا.الركوبان على ظهر Lugia حيث يجلبانهما في مغامرة غريبة عبر البحار.لأنه يسمح للاثنين بالعودة إلى الأرض, Satoshi andجو bid their farewells to Lugia and return to Sakuragi Institute. Impressed byجو's findings and Satoshi's insight taken during their encounter,يطلب ساكوراجي أن يكون الثنائي شركائه البحثيين الجدد.وهكذا تبدأ رحلة الثنائي,السفر عبر مناطق متعددة للقاء العديد من بوكيمون الجديدة - بما في ذلك تلك التي لديها القدرة على Gigantamax!